Ada Eror Gen S di Varian Omicron, Masih Efektifkah Tes PCR?
02 December 2021 |
11:26 WIB
Desyinta Nuraini
Jurnalis Hypeabis.id
Genhype, varian Covid-19 Omicron terus menyebar ke sejumlah negara. Kemarin, varian yang memiliki kode B.1.1.529 tersebut sudah terdeteksi di Arab Saudi, Amerika Serikat dan Korea Selatan. Sejauh ini, Indonesia belum melaporkan adanya kasus Omicron.
Kendati demikian, antisipasi tetap harus dilakukan. Skrining harus diperketat. Pasalnya menurut Mantan Direktur WHO Asia Tenggara Tjandra Yoga Aditama ada kemungkinan varian Omicron berdampak pada tes PCR atau polymerase chain reaction.
Dia menjelaskan bahwa mutasi spike protein di posisi 69-70 pada Omicron menyebabkan terjadinya fenomena S gene target failure (SGTF), dimana gen S tidak akan terdeteksi dengan PCR lagi. Hal ini disebut juga drop out gen S.
"Walau ada masalah di gen S tetapi untungnya masih ada gen-gen lain yang masih bisa dideteksi sehingga secara umum PCR masih dapat berfungsi," ujarnya dalam siaran pers, Kamis (2/12/2021).
Tjandra menerangkan tidak terdeteksinya gen S pada pemeriksaan PCR dapat dijadikan indikasi awal untuk kemungkinan yang diperiksa adalah varian Omicron. Tentu hal ini perlu dilanjutkan dengan pemeriksaan Whole Genome Sequencing (WGS) untuk memastikannya.
"Kalau kemampuan WGS terbatas maka ditemukannya SGTF dapat menjadi semacam bantuan untuk menyaring mana yang prioritas dilakukan WGS, selain kalau ada kasus berat, atau ada klaster, atau ada kasus yang tidak wajar perburukan kliniknya, dan lain-lain," tutur Tjandra.
Menurutnya apabila di suatu daerah ditemukan peningkatan sampel laboratorium yang menunjukkan SGTF, maka ini mungkin dapat menjadi suatu indikasi sudah beredarnya varian Omicron.
Oleh karena itu, Tjandra berpendapat penting menganalisa hasil PCR. Artinya jangan hanya jumlah total saja yang disimak tetapi apakah ada peningkatan SGTF atau tidak.
Sementara itu, dia menilai, jumlah pemeriksaan whole genome sequencing masih perlu ditingkatkan. Dari data GISAID sampai 1 Desember 2021, Indonesia memasukkan 9.265 sekuens, sementara Singapura sudah memasukkan 10.151 sekuen.
Adapun Afrika Selatan dengan penduduk tidak sampai 60 juta memasukkan 23.917 sekuen, bahkan India sudah memasukkan 84.296 sekuen.
"Penduduk kita kira-kira adalah seperempat penduduk India, jadi kalau India sekarang sudah memeriksa lebih 80 ribu sampel maka seyogyanya kita harusnya dapat juga sudah memeriksa sekitar 20 ribu sampel," tegasnya.
Di sisi lain Tjandra menjelaskan bahwa varian Omicron ini diketahui bukan hanya berdampak pada tes PCR namun juga potensi penularan yang makin tinggi, kemungkinan penyakitnya memberat, terjadinya infeksi ulang pada mereka yang sudah sembuh, dampak pada vaksin yang sekarang sudah dipakai, serta analisis tentang obat Covid-19 yang ada, seperti penghambat reseptor Interleukin 6 yang bermanfaat untuk menangani badai sitokin juga obat anti inflamasi yaitu kortikosteroid.
Kendati demikian, antisipasi tetap harus dilakukan. Skrining harus diperketat. Pasalnya menurut Mantan Direktur WHO Asia Tenggara Tjandra Yoga Aditama ada kemungkinan varian Omicron berdampak pada tes PCR atau polymerase chain reaction.
Dia menjelaskan bahwa mutasi spike protein di posisi 69-70 pada Omicron menyebabkan terjadinya fenomena S gene target failure (SGTF), dimana gen S tidak akan terdeteksi dengan PCR lagi. Hal ini disebut juga drop out gen S.
"Walau ada masalah di gen S tetapi untungnya masih ada gen-gen lain yang masih bisa dideteksi sehingga secara umum PCR masih dapat berfungsi," ujarnya dalam siaran pers, Kamis (2/12/2021).
Tjandra menerangkan tidak terdeteksinya gen S pada pemeriksaan PCR dapat dijadikan indikasi awal untuk kemungkinan yang diperiksa adalah varian Omicron. Tentu hal ini perlu dilanjutkan dengan pemeriksaan Whole Genome Sequencing (WGS) untuk memastikannya.
"Kalau kemampuan WGS terbatas maka ditemukannya SGTF dapat menjadi semacam bantuan untuk menyaring mana yang prioritas dilakukan WGS, selain kalau ada kasus berat, atau ada klaster, atau ada kasus yang tidak wajar perburukan kliniknya, dan lain-lain," tutur Tjandra.
Menurutnya apabila di suatu daerah ditemukan peningkatan sampel laboratorium yang menunjukkan SGTF, maka ini mungkin dapat menjadi suatu indikasi sudah beredarnya varian Omicron.
Oleh karena itu, Tjandra berpendapat penting menganalisa hasil PCR. Artinya jangan hanya jumlah total saja yang disimak tetapi apakah ada peningkatan SGTF atau tidak.
Sementara itu, dia menilai, jumlah pemeriksaan whole genome sequencing masih perlu ditingkatkan. Dari data GISAID sampai 1 Desember 2021, Indonesia memasukkan 9.265 sekuens, sementara Singapura sudah memasukkan 10.151 sekuen.
Adapun Afrika Selatan dengan penduduk tidak sampai 60 juta memasukkan 23.917 sekuen, bahkan India sudah memasukkan 84.296 sekuen.
"Penduduk kita kira-kira adalah seperempat penduduk India, jadi kalau India sekarang sudah memeriksa lebih 80 ribu sampel maka seyogyanya kita harusnya dapat juga sudah memeriksa sekitar 20 ribu sampel," tegasnya.
Di sisi lain Tjandra menjelaskan bahwa varian Omicron ini diketahui bukan hanya berdampak pada tes PCR namun juga potensi penularan yang makin tinggi, kemungkinan penyakitnya memberat, terjadinya infeksi ulang pada mereka yang sudah sembuh, dampak pada vaksin yang sekarang sudah dipakai, serta analisis tentang obat Covid-19 yang ada, seperti penghambat reseptor Interleukin 6 yang bermanfaat untuk menangani badai sitokin juga obat anti inflamasi yaitu kortikosteroid.
Editor: Roni Yunianto
Komentar
Silahkan Login terlebih dahulu untuk meninggalkan komentar.