Awal sejarah berdirinya Gereja Katedral Bogor tidak bisa kita lepaskan dari peranan dua tokoh perintis umat kota Bogor, yaitu Mgr. AC. Claessens, Pr dan Pastor MYD Claessens. Pada tahun 1881 Mgr. AC. Claessens membeli sebuah rumah dengan pekarangan yang cukup luas (sekarang meliputi kompleks Gereja, Pastoran, Seminari, Sekolah, dan Bruderan Budi Mulia). Semula tempat itu digunakan sebagai tempat peristirahatan dan Misa Kudus para tamu dari Jakarta.

Namun, dengan dimilikinya rumah tersebut, juga menjadi awal umat Katolik memisahkan diri dari penggunaan Gereja Simultan/ekumene sebelumnya. Pada tahun itu pula pastor MYD. Claessen mulai menetap di Bogor.

Pada tahun 1986 MYD. Claessen memulai karya pastoralnya untuk mendirikan Panti Asuhan untuk anak-anak.

Saat itu bangunan rumah Panti Asuhan tersebut baru bisa menampung 6 orang anak. Usaha pastoral itu kemudian di kembangkan hingga menjadi yayasan Vincentius pada tahun 1987, sehingga pada tahun 1988 mendapat pengakuan dari Pemerintah Hindia Belanda.